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Text File  |  1995-03-04  |  3.7 KB  |  83 lines
  1. *********************
  2. * Serpins signature *
  3. *********************
  4.  
  5. Serpins (SERine  Proteinase INhibitors) [1,2,3,4]  are a group of structurally
  6. related proteins.    They  are high molecular weight (400 to 500 amino acids),
  7. extracellular,  irreversible  serine protease  inhibitors  with a well defined
  8. structural-functional characteristic:  a reactive region that acts as a 'bait'
  9. for an  appropriate  serine  protease.  This region is found in the C-terminal
  10. part of  these  proteins.     Proteins which are known to belong to the serpin
  11. family are  listed below (references are only provided for recently determined
  12. sequences):
  13.  
  14.  - Alpha-1 protease inhibitor (alpha-1-antitrypsin, contrapsin).
  15.  - Alpha-1-antichymotrypsin,
  16.  - Antithrombin III.
  17.  - Alpha-2-antiplasmin.
  18.  - Heparin cofactor II.
  19.  - Complement C1 inhibitor.
  20.  - Plasminogen activator inhibitors 1 (PAI-1) and 2 (PAI-2).
  21.  - Glia derived nexin (GDN) (Protease nexin I).
  22.  - Protein C inhibitor.
  23.  - Rat hepatocytes SPI-1, SPI-2 and SPI-3 inhibitors.
  24.  - Human  squamous  cell  carcinoma  antigen  (SCCA)  which  may  act  in  the
  25.    modulation of the host immune response against tumor cells.
  26.  - Human maspin, which seems to function as a tumor supressor [5].
  27.  - A lepidopterian protease inhibitor.
  28.  - Leukocyte elastase inhibitor  which, in  contrast  to  other serpins, is an
  29.    intracellular protein.
  30.  - Three  orthopoxviruses  probable protease inhibitors, which may be involved
  31.    in the  regulation  of  the blood clotting cascade and/or of the complement
  32.    cascade in the mammalian host.
  33.  
  34. On the  basis  of  strong  sequence similarities, a number of proteins with no
  35. known inhibitory activity are said to belong to this family:
  36.  
  37.  - Birds ovalbumin and the related genes X and Y proteins.
  38.  - Angiotensinogen; the precursor of the angiotensin active peptide.
  39.  - Barley protein Z; the major endosperm albumin.
  40.  - Corticosteroid binding globulin (CBG).
  41.  - Thyroxine-binding globulin (TBG).
  42.  - Sheep uterine  milk protein (UTMP) and pig  uteroferrin-associated  protein
  43.    (UFAP).
  44.  - Hsp47, an endoplasmic reticulum heat-shock protein that  binds  strongly to
  45.    collagen and could act  as a chaperone in the collagen biosynthetic pathway
  46.    [6].
  47.  - Pigment epithelium-derived factor precursor (PEDF), a protein with a strong
  48.    neutrophic activity [7].
  49.  - Ep45, an estrogen-regulated protein from Xenopus [8].
  50.  
  51. We developed  a signature pattern for  this family of  proteins, centered on a
  52. well conserved Pro-Phe sequence  which is found ten to fifteen residues on the
  53. C-terminal side of the reactive bond.
  54.  
  55. -Consensus pattern: [LIVMFY]-x-[LIVMFYAC]-[DNQ]-[RKHQS]-[PST]-F-[LIVMFY]-
  56.                     [LIVMFYC]-x-[LIVMFAH]
  57. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  58.  for rodent angiotensinogen and vaccinia viruses SPI-3 (K2L).
  59. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 9.
  60.  
  61. -Note: in position 6 of the pattern, Pro is found in most serpins.
  62.  
  63. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  64.  
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